Malakoplakie prostaty je velmi vzácná, velká většina případů je spojená s infekcemi močového traktu způsobených B. coli. Klinická symptomatologie zahrnuje retenci moči, dysurii, hematúrii a teploty. Sonograficky se většinou nachází hypoechogenní ložiska, prostata je celkově zvětšená.
Histologický obraz odpovídá nálezům malakoplakie v močovém měchýři či ledvině. Problematická je pouze diagnostika tzv. časné malakoplakie, kdy je infiltrát tvořen převážně histiocyty s eosinofilní cytoplasmou a kdy velmi věrně napodobuje adenokarcinom prostaty. Imunohistochemicky lze snadno prokázat histiocytární povahu léze.